Nació en la rectoría de Epworth, Lincolnshire, el 17 de junio de 1703, decimoquinto hijo del clérigo Samuel Wesley y su madre se llamaba Susana, quienes tuvieron diecinueves. A la edad de 5 años escapa de un incendio que se produce en casa de padre y en donde de igual forma Hetty su hermana se salva de morir quedaba al caer escombros de llamas sobre su cama. En una de sus publicaciones posteriores el propio John aparece el relato al pie del mismo donde se veía la ilustración de una casa ardiendo y junto a ella la siguiente inscripción: " No es éste un tizón arrebatado del incendio" Zacarías 3:2. Desde muy pequeño en el hogar se Samuel Wesley y su esposa, aprendieron el valor que tiene la observación fiel de los cultos.
Desues del espectacular salvamento de Juan del incendio, su madre, profundamente convencida de que Dios tenía grandes planes para su hijo, resolvió firmemente educarlo para servir y ser útil en la obra de Cristo. La familia del pastor Samuel Wesley era muy pobre, pero mediante la influencia del Duque de Duckingham, consiguieron un lugar para Juan en la escuela de Londres. Estudió en el colegio Charterhouse y en Christ Church, Universidad de Oxford. En 1725 se ordenó diácono y tres años después pasó a formar parte del clero de la Iglesia de Inglaterra. Fue coadjutor de su padre hasta que en 1729 se trasladó a Oxford como miembro de la junta directora del Lincoln College; comenzo a reconocer que el corazón es la fuente de la religión verdadera y reservaba dos horas cada día para quedarse a solas con Dios, se exforzaba para levantarse diariamente a las cuatro de la mañana. Allí fundó con su hermano Charles el Holy Club, en el que ingresó también George Whitefield, futuro fundador del metodismo calvinista. Los miembros del club debían cumplir con rigor y método los preceptos y prácticas religiosas, entre ellas visitar prisiones y confortar a los enfermos, por lo que sus compañeros de universidad los llamaron 'metodistas' de una forma irónica.
En 1735 viajó a Estados Unidos como misionero anglicano en donde permanecio cerca de dos años. En el barco a Savannah, Georgia, conoció a unos alemanes de Moravia cuya sencilla devoción evangélica le impresionó. Durante su estancia en Georgia siguió tratándolos y tradujo algunos de sus himnos al inglés. Excepto por esta relación, su experiencia americana fue un fracaso. Su ritmo de vida era levantarse a las cuatro de la mañana y se acostaba después de las nueve. Las tres primeras horas del día las dedicaba a la oración y al estudio de las Escrituras.
En 1738 volvió a Inglaterra y el 24 de mayo, mientras esperaba un encuentro con los moravos en la calle Aldersgate, en Londres, experimentó un despertar religioso que le convenció de que cualquier persona podía alcanzar la salvación sólo con tener fe en Jesucristo.
En marzo de 1739, George Whitefield, entonces famoso predicador en Bristol, lo llamó para que unieran sus esfuerzos. A pesar de su rechazo inicial a predicar fuera de las iglesias, la entusiasta reacción de la audiencia tras el sermón que pronunció el 2 de abril al aire libre lo convenció de que era la forma más efectiva de llegar a las masas. En cualquier caso, pocos púlpitos estarían abiertos para él, pues la Iglesia anglicana no aprobaba el evangelismo.
Desde el mismo comienzo de su carrera evangélica, Wesley convocó enormes muchedumbres. Su éxito se explica, en parte, debido a que en aquel momento Inglaterra estaba preparada para su doctrina, pues la Iglesia anglicana era incapaz de ofrecer la clase de fe personal que la gente ansiaba. El énfasis de Wesley en la religión personal y su seguridad de que todos eran aceptados como hijos de Dios tuvo una tremenda repercusión popular.
El 1 de mayo de 1739 Wesley y un grupo de sus seguidores se reunieron en Londres en un local de la calle West para crear la primera congregación metodista. Dos organizaciones similares se fundaron en Bristol ese mismo mes. A finales de 1739 la sociedad londinense empezó a congregarse en un edificio llamado The Foundry (La Fundición) que durante muchos años fue el cuartel general del metodismo.
Al crecer el movimiento metodista se hizo acuciante la necesidad de una organización más sólida. En 1742 las sociedades estaban divididas en grupos dirigidos por un líder, lo que contribuyó en gran medida al éxito del movimiento; estos líderes, muchos de los cuales fueron designados por Wesley como predicadores laicos, tuvieron gran importancia. En 1744 convocó la primera conferencia de líderes metodistas, que desde entonces se celebraron cada año.
En 1751, a los 48 años, se casó con Mary Vazeille, una viuda con cuatro hijos, pero el matrimonio fue un fracaso y ella lo abandonó. Wesley no tuvo descendencia.
Organizador y predicador infatigable, viajó cerca de 8.000 kilómetros al año pronunciando cuatro o cinco sermones al día sin dejar de fundar nuevas congregaciones.
En 1740 se separó de los moravos por desacuerdos doctrinales y rechazó la doctrina calvinista de la predestinación, rompiendo así con Whitefield. También se deshizo de muchos principios de la Iglesia anglicana, como el de la sucesión apostólica (el mantenimiento de una misma línea de sucesión episcopal iniciada con san Pedro), y, aunque nunca expresó intención alguna de establecer el movimiento como una nueva iglesia, sus actividades hicieron inevitable la separación. En 1784 publicó una declaración en la que se establecían las normas y las reglas que debían servir de guía a las congregaciones metodistas y encargó a su ayudante, Thomas Coke, un clérigo anglicano, la organización metodista en Estados Unidos, otorgándole poderes para administrar los sacramentos. Aunque la separación con la Iglesia anglicana no se produjo hasta después de su muerte, estas ordenaciones implicaban un paso decisivo hacia la ruptura.
Wesley se preocupó por el bienestar intelectual, económico y físico de las masas. También escribió sobre diversos temas históricos y religiosos y vendió sus libros muy baratos para que hasta los pobres pudieran comprarlos, contribuyendo así a fomentar los hábitos de lectura del público en general. Además de fundar dispensarios médicos, ayudó a los que tenían deudas y a los que querían establecer un negocio. Se opuso a la esclavitud y se interesó por diversos movimientos de reforma social. Su influencia en el pueblo inglés fue tal que se cree que el metodismo evitó una revolución en Inglaterra en el siglo XIX.
Wesley reunió 23 colecciones de himnos, editó una revista mensual, tradujo obras del griego, latín y hebreo, y editó con el título de El modelo cristiano, el famoso devocionario medieval De Imitatione Christi (La imitación de Cristo), atribuido al eclesiástico alemán Tomás de Kempis. Su Diario (1735-1790) destaca por la exposición franca de su evolución espiritual.
Durante los últimos años de su vida fue un hombre muy admirado; en esta época la hostilidad de la Iglesia anglicana hacia el metodismo desapareció en la práctica. Un pastor en ese tiempo, predicaba un promedio de cien veces por año, pero el promedio de Juan Wesley fue de 780 veces por año durante 54 años; Juan no solo excedia en predicaciones a sus consiervos sino que además iba de casa en casa exhortando y consolando a los creyentes cuyo promedio era de 7 kilometros por año para llegar a los lugares donde tenía que predicar. Tenia caracteristicas fisicas cuya altura no sobrepasaba un metro sesenta y seis centimetros y su peso era de menos de 70 kilogramos. Murió el 2 de marzo de 1791, cuando casi iba a cumplir los 88 años, dio fin a su carrera terrestre, durante toda la noche no ceso de pronunicar palabras de adoración y alabanzas, a las 10 de la mañana mientras los creyentes rodeaban el lecho orando el dijo "Adiís"; fue enterrado en el cementerio de City Road Chapel, en Londres. En la abadía de Westminster hay una placa con su nombre, se calcula que diez mil personas desfilaron antes frente a su ataúd para ver el rostro que tenía una sonrisa celestial.
