Nació en Eisleben el 10 de noviembre de 1483, descendiente de campesinos, hecho en el que siempre insistió. Su padre, Hans Lutero, trabajó en las minas de cobre de Mansfeld. Recibió una sólida educación en Mansfeld, Magdeburgo y Eisenach. En 1501, a los 17 años de edad, ingresó en la Universidad de Erfurt, donde se licenció en 1502 y doctoró en 1505. Después quiso estudiar Derecho, como su padre deseaba, pero en el verano de 1505 abandonó de pronto sus estudios, e ingresó en el monasterio de los agustinos de Erfurt, decisión que sorprendió a sus amigos y consternó a sus padres. En el otoño de 1506 profesó como monje y un año después se ordenó sacerdote.
Con el propósito de estudiar teología para ocupar una cátedra en una de las muchas universidades alemanas regidas por los monjes, su amigo y consejero Johann von Staupitz, vicario general de los agustinos, le asignó en 1508 un curso introductorio de filosofía moral en la nueva Universidad de Wittenberg (fundada en 1502). En 1509 se licenció en teología y volvió a Erfurt, donde impartió clases y estudió (1509-1511). En noviembre de 1510 visitó Roma en representación de siete monasterios agustinos y cumplió los deberes religiosos acostumbrados para un visitante piadoso, pero la mundanidad del clero romano le indignó. Al poco tiempo de reanudar sus deberes en Erfurt, fue enviado a Wittenberg para estudiar el doctorado de teología. En 1512 se doctoró y asumió la cátedra de Teología Bíblica que conservó hasta su muerte.
Lutero fue un predicador, profesor y administrador muy activo. Sus estudios del Nuevo Testamento para preparar sus clases le llevaron a creer que los cristianos se salvan, no por sus propios esfuerzos o méritos, sino por el don de la gracia de Dios, que ellos aceptan por la fe.
El 31 de octubre de 1517 Lutero se convirtió en controvertida figura pública al exponer en el pórtico de la iglesia de Todos los Santos de Wittenberg sus 95 Tesis o proposiciones escritas en latín contra la venta de indulgencias (remisión, mediante un pago, de los castigos temporales impuestos por la comisión de los pecados) para la gran obra de los papas Julio II y León X: la construcción de la basílica de San Pedro en Roma. Al margen de cómo se hicieron públicas sus proposiciones, causaron una gran conmoción y fueron traducidas de inmediato al alemán, logrando una amplísima difusión. Lutero defendió con energía sus opiniones en debates universitarios públicos en Wittenberg y en otras ciudades, provocando una investigación por parte de la Iglesia romana que culminó con la condena de sus enseñanzas (15 de junio de 1520) y con su excomunión (1 de enero de 1521) por el papa León X. En abril de 1521 fue convocado ante el emperador Carlos V en la Dieta de Worms y se le pidió que se retractase ante las autoridades seculares y eclesiásticas allí reunidas. Se negó, asegurando que para hacerlo tendrían que refutar sus teorías con las Escrituras y la razón y que no es conveniente ir contra la conciencia. El emperador condenó a Lutero, pero el elector de Sajonia, Federico el Sabio, lo recluyó en su castillo de Wartburg, donde Lutero emprendió su traducción del Nuevo Testamento del original griego al alemán, una contribución fundamental al desarrollo de la lengua alemana. Los desórdenes provocados en Wittenberg por sus seguidores más extremistas le obligaron a volver a la ciudad, en marzo de 1521, para restablecer la paz por medio de numerosos sermones.
Lutero no fue un Teólogo a la usanza clásica, pero la sutilidad y complejidad de su obra, inspirada en su estudio riguroso del Nuevo Testamento y en el gran teólogo del siglo IV san Agustín de Hipona, ejerció una influencia muy importante; además fue un reformador religioso alemán, iniciador de la Reforma protestante. Figura crucial de la edad moderna en Europa, la influencia del conjunto de sus teorías y doctrinas (que suele ser denominado luteranismo) se extendió, más allá de la religión, a la política, la economía, la educación, la filosofía, el lenguaje, la música y otros espacios de la cultura.
En 1537 la salud de Lutero empezó a deteriorarse. Preocupado por el resurgimiento del Papado y por lo que interpretó como un intento de los judíos de aprovechar la confusión surgida entre los cristianos para reabrir la cuestión del mesianismo de Jesús, se sintió responsable de semejante estado de cosas y escribió una violenta invectiva contra los judíos y otra contra el Papado y la facción más radical de los reformadores, los anabaptistas. En 1546 se solicitó su mediación en un conflicto surgido entre los dos condes que gobernaban en Mansfeld. Viejo y enfermo, acudió, resolvió el litigio y murió el 18 de febrero de 1546 en Eisleben.