La única referencia biográfica a Sofonías aparece en el primer versículo del libro que lleva su nombre. La genealogía del profeta se remonta a cuatro generaciones anteriores hasta llegar a Ezequías. Si bien a este Ezequías no se lo considera como el rey de Judá del mismo nombre, la forma poco usual de la genealogía de Sofonías se explica mejor aceptando dicho supuesto.
El nombre de Sofonías, "Yahvéh ha ocultado", puede indicar que este profeta nació en la época de las atrocidades perpetradas por Manasés, quien "derramó … mucha sangre inocente en gran manera" (2 R. 21.16).
Sofonías profetizó durante el reinado de su pariente, Josías, tataranieto de Ezequías. Josías subió al trono a la edad de 8 años (640 a.C.) y fue mayormente influido por Hilcías el sumo sacerdote. Puede suponerse que Sofonías tambiéen ejerció influencia para bien sobre el rey Josías. En el año 18 de su reinado el joven rey ordenó la renovación del templo, durante cuyo lapso fue "hallado el libro de la ley en la casa de Jehová". Cuando fue leída ante el rey y el pueblo de Jerusalén, esta Escritura provocó una reforma en la vida de la nación.
Sofonías probablemente ministró en la primera parte del reinado de Josías. Habla de "los restos de Baal" en Jerusalén (Sof. 1.4), y de otras costumbres idolátricas que fueron abandonadas una vez que se descubrió la ley (1.5; 2 R. 22.1–23.25; 2 Cr. 34.1–7).
Nahúm, quien profetizó la destrucción de Nínive, que se llevó a cabo en el 612 a.C., probablemente fue contemporáneo de Sofonías, como lo fue Jeremías, que alcanzó a ver la destrucción de Jerusalén (587 a.C.). La duración del ministerio de Sofonías se desconoce.
